1990 (Navegantes del Magallanes)

Para la temporada 1989-1990 y tras terminar liderando la clasificación en la ronda eliminatoria, el conjunto se desinfla en el Round Robin, etapa en la cual inicia perdiendo nueve juegos seguidos, para concluir con negativa marca de 1-11.

Llegó la temporada 1991-1992 y con ella el arribo al club del lanzador zurdo Juan Carlos Pulido, el cual es obtenido de Tigres de Aragua a cambio de Alfredo Pedrique. El 2 de enero, en juego contra los Leones del Caracas que se extendió a 18 innings, el "Gago" Olivares largó un triple en el décimo séptimo capítulo, el incogible 950 en su carrera y el último con el Magallanes en temporada regular, y Eric Anthony empata la marca de más turnos en un juego en poder de Camaleón García desde la 1952-1953 al acumular 9 veces al bate. El club culmina de primero en la recién creada división oriental, y aunque vuelve a quedar fuera de la final al caer en el Round Robin, algunos turcos reciben galardones: William Magallanes "Productor del Año", Benito Malavé "Relevista del Año", y Eddy Díaz "Novato del Año".

Magallanes se vino a más para conquistar seis gallardetes, los más sobresalientes en la década de los 90s donde retoma el liderato en la liga. Figuras como Juan Carlos Pulido, Álvaro Espinoza, el Almirante Carlos García, Oscar Azocar (quien llegó en un cambio desde Caribes de Oriente por William Magallanes) y los novatos Eddy Díaz, Melvin Mora y Luis Raven logran ganar el campeonato luego de 15 años en la primera final entre los eternos rivales del béisbol venezolano. La final de la temporada 1993-94 entre los Leones del Caracas y los Navegantes del Magallanes fue sin duda unos de los acontecimientos más esperados en el país. Estos se han enfrentado en tres finales y Magallanes ha salido ganador en dos ocasiones.

Tras el período de 1980, Magallanes fue considerado uno de los mejores equipos de la década de 1990 a finales de 2000, ganando cuatro títulos desde 1993 a 2001. En la temporada 2001-2002 obtuvo su décimo campeonato frente a los Tigres de Aragua, y luego de once años desde su último título local, siendo dirigidos por Luis Sojo, quién se convertiría en el segundo mánager venezolano en ganar un título local con el club, obtienen su undécimo título en la temporada 2012/2013 tras vencer en siete juegos a los Cardenales de Lara.

En la temporada 2013-14, al principio dirigidos nuevamente por Luis Sojo el conjunto logra clasificar con el cuarto puesto al round robin con marca de 33-30 luego de liderar durante varias semanas la tabla de posiciones. Sin embargo, la gerencia decidió de mutuo acuerdo dar un giro en la conducción del equipo por lo que a partir del Round Robin fue Carlos "El Almirante" García quien tomó las riendas del club. Dirigidos por Carlos García consiguen su décimo segundo título en la historia alcanzando así el bicampeonato en una final dominada 4 juegos por 1 ante los Caribes de Anzoategui, siendo la tercera vez en su historia que logran quedar dos veces seguidas campeones.

En total tiene 12 campeonatos de liga y dos Series del Caribe, estas últimas conseguidas en las ediciones de 1970 y 1979.

Pablo Sandoval se convirtio en uno de los jugadores franquicias del equipo.